A Dangan ronpa első szériájától eltérően a Dangan Ronpa 3: A Hope Akadémia vége nem játékadaptáció, hanem egy teljesen új történet, mely a játék készítőjének, Kodaka Kazutaka fejéből pattant ki. Mivel a tervezők legújabb tervezett játéka, a New Dangan Ronpa V3 teljesen új karakterekkel és környezettel fog dolgozni, ezért Kodaka szeretett volna lezárást készíteni a jelenlegi univerzumhoz. Bár nem épül egyetlen játékra sem, megértéséhez szükség lehet a Super Danganronpa 2 és az Another Episode ismeretére. A szálak elvarrására szolgál a 2016. július 11-én megjelent Dangan Ronpa 3: A Hope Akadémia vége (ダンガンロンパ３ –The End of 希望ヶ峰学園– Danganronpa 3 – The End of kibō hō gakuen), mely két szálra oszlik:

- Mirai-hen: A Jövő oldala

- Zetsubou-hen: A Kétségbeesés oldala

A két szál cselekménye és karakterei erősen összefüggnek, ezért ajánlott őket egyszerre nézni. A Mirai-hen hétfőnként jelenik meg, a Zetsubou-hen pedig csütörtökönként, így a sorrend is ez: egy rész Mirai-hen, majd egy rész Zetsubou-hen.

A Zetsubou-hen a múltba tekint vissza és a 77-es osztály sorsát követi végig. Hogy teljesen megértsd a szerepüket, nem árt ismerned a Super Danganronpa 2-t, ez a játék ugyanis pont ezekkel a fiatalokkal foglalkozik.

Az alábbiakban spoiler!

Az SDR2 története szerint Naegi Makoto (aki túlélte Junko gyilkolós játékát, belépett egy szervezetbe, amit Mirai Kikannak hívnak és a kétségbeesés valamint Junko maradék szövetségesei ellen harcolnak) összezárta a 77-es osztály tagjait egy lakatlan szigeten, ahol Monokuma cselszövése által egy újabb gyilkolós játék veszi kezdetét. A Junko által kirobbantott incidens idején (amiről a Danganronpa első animéje és játéka szól) a 77-es osztály Junko bábjaként volt jelen. Rengeteg ártatlan embert megöltek és kétségbeesésbe taszították a világot. Később Naegi megmenti őket, és az emlékeik törlésével megpróbál egy új esélyt adni számukra - ebbe szól bele Monokuma, és erről szól a SDR2.
A Zetsubou-hen azt mutatja be, hogy a látszólag ártalmatlan, hétköznapi 77-es osztály hogyan kerül egyre inkább Junko hatása alá, és hogyan válnak tömeggyilkosokká. Épp ezért az anime eleinte könnyed és szórakoztató, de ahogy telnek a részek, úgy lesz egyre sötétebb és véresebb...